E sì, è proprio come dici: il codice html del form è identico ma la funzione non funziona più, senza dare nessun errore js.
Nel file x5engine.js la funzione c'è ed è diversa da quella vecchia; ci sono le impostazioni nel file x5settings.js e il css per il div imGuiPopUp nel file style.css, eppure niente, l'effetto non si visualizza.
Ho provato a sostituire tutta la funzione imFormatInt nuova con quella vecchia (presa dal tuo link) ... e il popup personalizzato è tornato a funzionare ...
... in quale versione si sia presentato per la prima volta l'errore non so proprio dire.