ti rispondo da incompetente...
la prima cosa che mi è venuta in mente è quella di accedere ai file del dominio con l'editor del cpanel o plesk o altro , editare il file /res/access.inc.php e aggiungere l'utente.
Niente di complicato perchè la sintassi è semplice. L'unica cosa è che lo si deve inserire nel group con l'array generato dal programma.
'nome-utente' => array(
'groups' => array('13912n91'),
'id' => 'aaabcdef',
'name' => 'Area riservata cataloghi speciali',
'password' => 'password',
'page' => 'pagina.html'
)
Ovviamente dovrai poi inserire i dati nel programma per avere il tutto aggiornato.
Si potrebbe creare uno script php che aggiunge l'utente sempre nel file access.inc ma tanto dopo dovresti sempre aggiornare il programma.